检测肠道细菌Feacalibacterium prausnitzii的三对PCR引物的特异性比较

• 作者: 冯洁 华蔚颖 申剑 赵宇峰 赵立平
• 来源期刊: 微生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: Feacalibacterium prausnitzii 引物 特异性 肠道菌群
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 所属期刊栏目: 生态和环境微生物
• 页码范围: 819-827
• 分类号: Q93-3
• 语种: 中文

摘要

[目的]比较3对基于16S rRNA基因、用于检测人肠道中重要细菌Feacalibacterium prausnitzii的引物(FPR-1/FPR-2、FPR-2F/Fprau645R和Fprau223F/Fprau420R)的特异性.[方法]用Clustal x比对每个引物与F.prausnitzii和其他细菌的16S rRNA基因的序列.在Ribosomal Database Project(RDP)数据库中使用Probe Match工具比较每个引物匹配的Faecalibacterium spp.序列数目.利用本课题组建立的中国人粪便菌群的16S rRNA基因全长文库的7255个克隆序列,用Simulated PCR(SPCR)预测每对引物检测到的F.prausnitzii和其他细菌的克隆数;用3对引物分别对代表克隆进行PCR扩增.用3对引物分别对14个健康人的粪便样品进行实时定量PCR.[结果]引物Fprau645R的3,端最后一个碱基与非F.prausnitzii序列的错配度高于其它引物,它在RDP中匹配的Faecalibacterium spp.序列数占其匹配的细菌序列数的百分比(97.6%)显著高于其他引物.SPCR预测,3对引物检测到的F.prausnitzii克隆数均为1171左右;在检测到的非Faecalibacterium spp.克隆中,FPR-2F/Fprau645 R主要是Subdoligranulum spp.,而FPR-1/FPR-2和Fprau223F/Fprau420R 还有 Oscillibacter spp.、Ruminococcus spp.和 unclassified Ruminococcaceae 等.真实 PCR与SPCR的结果吻合.实时定量PCR中,FPR-1/FPR-2和Fprau223F/Fprau420R检测到的细菌数量高于FPR-2F/Fprau645R.[结论]3对引物能检测到F.prausnitzii和Subdol国ranulum spp.,FPR-2F/Fprau645R的特异性优于FPR-1/FPR-2和Fprau223F/Fprau420R.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冯洁	上海交通大学生命科学技术学院教育部微生物代谢重点实验室	41	268	10.0	15.0
2	申剑	上海交通大学系统生物医学研究院	11	62	4.0	7.0
3	赵宇峰	上海交通大学系统生物医学研究院	11	60	4.0	7.0
4	华蔚颖	上海交通大学生命科学技术学院教育部微生物代谢重点实验室	2	23	2.0	2.0