高通量花生转录组分析系统的构建与应用

• 作者: 刘海燕 张二华 梁炫强 洪彦彬 陈小平
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 花生 转录组 分析系统 高通量
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 235-241
• 分类号: S565.203
• 字数: 5022字
• 语种: 中文

摘要

采用PC机为硬件平台,基于Linux操作系统,以Perl语言作为主要的程序编辑语言,整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker、Blast、Bioperl等软件或模块,构建自动化、高通量的转录组分析系统.整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序,其中以assemble.pl为主程序的序列组装,以annotFun.pl为主程序的功能注释和以annotGO.pl为主程序的功能分类.通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8 328个叶片EST,进一步验证该系统的稳定性和可靠性.本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类,为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息,也为其他生物信息平台的构建提供借鉴.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	梁炫强	广东农业科学院作物研究所	2	14	2.0	2.0
2	陈小平	广东农业科学院作物研究所	1	9	1.0	1.0
3	洪彦彬	广东农业科学院作物研究所	1	9	1.0	1.0
4	张二华	广东农业科学院作物研究所	1	9	1.0	1.0
5	刘海燕	广东农业科学院作物研究所	1	9	1.0	1.0