基于蛋白质相互作用网络挖掘物种内的功能相似蛋白质

• 作者: 宋宝兴 张德礼 桑青 王芬
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 医学
• 关键词: 功能相似蛋白质 同源 蛋白质相互作用网络
• 年，卷（期）: 2011,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 789-800
• 页数: 12页
• 分类号: R857.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2011.00789

摘要

本文基于图论(graph theory)思想挖掘功能相似蛋白质.将蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPI)转化为图,使用1-hop方法把相互作用网络拆分为子图.应用最短路径法,依次把拆分得到的每一个子图与所有子图进行两两比对,寻找最优比对结果,挖掘物种内有相似功能的蛋白质.应用该方法对构建的人类蛋白质相互作用网络进行比对,共挖掘到1081对功能相似蛋白质.该方法的特点是数据量偏小、较可靠.计算结果中还出现了一些序列相似度较低、用序列比对的方法难以挖掘到的功能相似蛋白质.通过对结果的分析可以发现,趋同进化和同源有时很难区分.本实验的全部数据、程序和结果可在网站http://bina.biositemap.com上查询.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张德礼		14	31	3.0	5.0
2	宋宝兴		1	0	0.0	0.0
3	桑青		1	0	0.0	0.0
4	王芬		1	0	0.0	0.0