进化树指导的腺病毒六邻体家族蛋白的快速建模

• 作者: 任家毅 华东 吴晓敏 曲章义 杨志伟 王迎晨 王雅贤 王靖飞 袁晓辉 郭莹莹 高虹
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 同源建模 进化树 人腺病毒 六邻体家庭蛋白
• 年，卷（期）: 2011,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1838-1844
• 分类号: O641|R373.1
• 字数: 5834字
• 语种: 中文

摘要

为实现对人腺病毒六邻体家族蛋白进行快速准确的结构建模,发展了一种新的基于进化树的预测蛋白质家族中一系列分子三维空间结构的快速建模方法,首先利用邻接法对7株D亚属人腺病毒的六邻体序列构建了基于距离的进化树,并根据进化树所提供的信息确定最佳六邻体家族蛋白渐进式建模路径,然后利用Modeler与Charmm程序实现六邻体家族蛋白的快速建模,新的建模方法与传统方法相比,需要的计算量大大减少,经过结构评估以及与传统方法建模所得到的结构进行比较,证实基于进化树的快速建模结果是可靠的.人腺病毒六邻体家族蛋白的快速建模对于实现快速高通量的表位预测及开发多价人腺病毒疫苗与腺病毒分型诊断试剂都具有重大的意义.