三角帆蚌 GPX 基因结构特征及抗性相关 SNP 的筛选

• 作者: 李家乐 李西雷 汪桂玲
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 生物学
• 关键词: 三角帆蚌 GPX基因 SNP 抗性性状
• 年，卷（期）: 2012,（11）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1456-1464
• 分类号: Q3
• 字数: 6217字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.01456

摘要

根据三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPX)基因 cDNA 序列,通过 PCR 和基因组步移法,从三角帆蚌基因组 DNA 中扩增出 GPX 基因全长及其 5′调控区.序列分析表明,该基因序列全长 6 708 bp,含有 2 个外显子,1 个内含子.5′调控区为 992 bp,含有启动子的核心序列 TATA 盒 以及其他一些转录调控元件,如 AP1、C/EBP、CdxA.2 个外显子长度分别为 273 bp 和 991 bp,内含子长度为 4 491 bp.通过直接测序法在三角帆蚌抗性群体和易感群体中筛选 GPX 基因的 SNPs,并研究这些多态性位点 与抗逆性状的相关性.共获得了 16 个 SNP 位点,其中启动子区的 A-99G 位点、A-86C 位点、A-49C 位点,内 含子区的 A2841T 位点、C2847T 位点、G3146C 位点、A3150G 位点以及 G4645T 位点共 8 个 SNP 位点的基因 型频率和等位基因频率在抗性和易感群体中均存在显著性差异(P<0.05).连锁不平衡分析结果显示 GPX 基因 A-86C 位点、A-49C 位点、C2847T 位点、A3150G 位点与 G4645T 位点之间,以及 A2841T 位点与 G3146C 位 点之间均存在强连锁不平衡.同时单倍型分析发现,在抗性群体中单倍型分别为 ACTGT 和 TG 的个体出现的 频率显著高于易感群体中出现的频率.这些结果表明,GPX 基因的部分 SNPs 可作为三角帆蚌抗病辅助育种的 候选分子标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	汪桂玲	上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室	33	196	9.0	12.0
2	李西雷	上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室	6	42	4.0	6.0