从真菌全基因组中筛选丛赤壳科的DNA条形码

• 作者: 余知和 庄文颖 曾昭清 罗晶 赵鹏
• 来源期刊: 中国科学（生命科学）
• 关键词: E值 同源基因序列 PCR扩增与测序成功率 序列分析
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 55-63
• 页数: 9页
• 语种: 中文

摘要

将粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)的注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较,根据E值大小预测同源序列,从中选择Hsp90,AAC,CDC48和EF3作为候选基因,以丛赤壳科(Nectriaceae) 13个属34个概念清晰的种为材料,对215个序列片段采用不同方法进行分析,筛选适合于该科的DNA条形码.将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标.结果表明,Hsp90和AAC基因虽然具有较高的PCR扩增与测序成功率,但种内,种间距离频率分布存在重叠,可能导致部分种的鉴定错误；CDC48基因可以恰当地区分种内与种间差异,但扩增与测序成功率相对较低；EF3基因不存在种内、种间遗传距离重叠,序列容易获得,适合作为该科真菌的DNA条形码.