紧密连接蛋白claudin-8基因5'调控区序列的生物信息学分析

• 作者: 周代锋 周雯 王青松 蔡望伟
• 来源期刊: 滨州医学院学报
• 学科: 医学
• 关键词: 紧密连接蛋白 claudin-8 5'调控区 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 415-418
• 页数: 4页
• 分类号: R34
• 字数: 2589字
• 语种: 中文

摘要

目的 研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法 利用BLAST比对获得claudin-8基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box 和CAAT-box ;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0 分析claudin-8基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS 和CpG Island Searcher 分析claudin-8基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH 分析claudin-8基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果 claudin-8 基因5′调控区序列中存在2个CAAT-box,无TATA -box和GC-box;claudin-8基因可能存在6个启动子位点;CpG岛为148 bp(379 bp-526 bp)、64 bp(1662 bp-1725 bp)、319 bp(296 bp-614 bp).结果 显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有498个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有98个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(Score Threshold:99.0)时,该区域具有37个潜在的转录因子结合位点.结论 通过生物信息学的方法 对于claudin-8基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周代锋	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	55	280	8.0	14.0
2	蔡望伟	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	112	435	10.0	15.0
3	周雯	海南医学院组织胚胎学教研室	17	33	3.0	5.0
4	王青松	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	15	29	3.0	5.0