紧密连接蛋白Claudin-15基因5′调控区序列的生物信息学分析

• 作者: 周代锋 周雯 王青松 蔡望伟
• 来源期刊: 海南医学院学报
• 学科: 医学
• 关键词: 紧密连接蛋白 Claudin-15 5′调控区 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（12）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 1685-1688
• 页数: 4页
• 分类号: R34
• 字数: 2445字
• 语种: 中文

摘要

目的:研究紧密连接蛋白Claudin-15基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法:利用BLAST比对获得Claudin-15基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析Claudin-15基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析Claudin-15基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析Claudin-15基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果:Claudin-15基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和1个GC-box,没有TATA-box; Caudin-15基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为70 bp区间(51～120 bp)、77 bp区间(312～388 bp)、72 bp区间(2 029～2 100 bp)、204 bp区间(1 745～1 948 bp);结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有470个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有162个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有59个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(ScoreThreshold:99.0)时,该区域具有14个潜在的转录因子结合位点.结论:通过生物信息学的方法对于Claudin-15基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周代锋	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	55	280	8.0	14.0
2	蔡望伟	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	112	435	10.0	15.0
3	周雯	海南医学院组织胚胎学教研室	17	33	3.0	5.0
4	王青松	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	15	29	3.0	5.0