瓜类果斑病菌(Acidovorax citrulli)基因组信号肽预测分析

• 作者: 严婉荣 杨玉文 王铁霖 赵廷昌 闫莎莎
• 来源期刊: 中国瓜菜
• 学科: 农学
• 关键词: Acidovorax citrulli 信号肽 分析
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 1-6
• 分类号: S436.5
• 字数: 4110字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-2871.2012.01.001

摘要

利用Signal 3.0、LipoP和TargetP对瓜类果斑病菌Acidovorax avenae subsp.c itrulli AAC00-1菌株基因组中4 709个ORFs进行分析,对该病菌基因组中信号肽的数量、长度和氨基酸组成进行了预测,并对其进行分类.结果确定其中476个ORFs所编码的N-端有信号肽序列,占全部ORFs的10.10％.信号肽长度为14～48个氨基酸,以20～35个氨基酸居多,26个氨基酸的信号肽最多.组成信号肽的氨基酸中,非极性氨基酸占47.80％,极性氨基酸占23.04％,带负电荷的酸性氨基酸占15.87％,带正电荷的碱性氨基酸占8.73％.预测的476条信号肽中,有384条分泌型信号肽(SPⅠ),40条脂蛋白型信号肽(SPⅡ),51条TMHI型信号肽和1条CYT型信号肽.在分泌型信号肽中,有96个信号肽具有RR-motif的保守区段.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵廷昌	中国农业科学院植物保护研究所	88	1867	23.0	40.0
3	杨玉文	中国农业科学院植物保护研究所	18	151	7.0	12.0
5	王铁霖	中国农业科学院植物保护研究所	11	76	5.0	8.0
11	严婉荣	中国农业科学院植物保护研究所	2	12	1.0	2.0
15	闫莎莎	中国农业科学院植物保护研究所	1	1	1.0	1.0