基于Perl脚本的大豆核苷酸序列高通量提取

• 作者: 何晓兰 张大勇 易金鑫 王长彪 马鸿翔
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆全基因组 序列提取 序列分析 液泡膜水通道蛋白 Perl程序
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 7-13
• 分类号: S565.1|Q811.4
• 字数: 3487字
• 语种: 中文

摘要

自从大豆全基因组测序完成和序列公布之后,阐明每个基因的生物学功能和调控网络成为当前的主要任务.基于Perl脚本开发了一套可以高通量、快速提取序列的程序,该程序可以批量提取大豆染色体某个区间的核苷酸序列并利用其他工具进行批量分析,还可用于某个基因在全基因组中的所有序列分析.本研究分别对大豆第4染色体Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间的基因序列和水通道蛋白基因家族成员TIP(液泡膜水通道蛋白)序列进行提取.结果发现:Glyma04g00930.1～ Glyma04g01740.1区间共含有112个基因序列；大豆全基因组共有91个TIP基因,在20条染色体上均有分布,且在第12染色体上分布最多,多达10个,暗示该染色体可能对大豆的水分利用效率起着重要作用,基因所含内含子数为1～8个.序列提取所用的2个脚本程序可以从http://www.zlhyd.com/sxbi/soybean_strict.rar下载.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马鸿翔	江苏省农业科学院江苏省农业生物学重点实验室	157	1572	21.0	30.0
2	何晓兰	江苏省农业科学院江苏省农业生物学重点实验室	27	246	8.0	15.0
3	张大勇	江苏省农业科学院江苏省农业生物学重点实验室	7	58	3.0	7.0
4	王长彪	山西省农业科学院棉花研究所	32	211	8.0	13.0
8	易金鑫	江苏省农业科学院江苏省农业生物学重点实验室	21	268	8.0	16.0