鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异对血清IgG含量的影响

• 作者: 刘冉冉 周伟 孙艳发 常国斌 张磊 文杰 赵桂苹 郑麦青 陈国宏
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鸡 16号染色体 CNV 单倍型和双倍型 血清IgG
• 年，卷（期）: 2013,（9）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 1355-1362
• 页数: 8页
• 分类号: S831.2
• 字数: 3354字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2013.09.004

摘要

旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异(Copy number variation,CNV)对血清IgG含量的影响.采用鸡60 K SNP芯片对995只北京油鸡进行分型,同时测定80日龄IgG含量.分别采用PennCNV、Haplo-view 4.1和PHASE 2.0软件对拷贝数变异、连锁不平衡、单倍型分析及与IgG的关联分析.结果发现,该区域存在2个单倍型块和2个拷贝数变异区.Block1(59 984～73 717 bp)单倍型分析发现3种单倍型和6种双倍型,其中双倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1.45倍(P＜0.05);Block2(102 256～138 076 bp)内发现9种单倍型和9种常见双倍型,不同型之间差异不显著(P＞0.05).CNV1(6 471～59 984 bp)是稀有型拷贝数变异区;CNV2(201 882～299 166 bp)缺失型IgG含量是增加型的1.25倍(P＜0.05).分析挑选出8个与IgG抗体含量相关的SNP位点,结果发现Gga_rs16057310、Gga_rs15788237及Gga_rs15788101不同基因型之间差异显著(P＜0.05).结果表明:Block1和拷贝数变异CNV2(201 882～299 166 bp)及SNP位点Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga_rs15788101对IgG含量有显著影响,位于这些区域附近含有CD1b、TRIM27、ZNF692及MHC与免疫机能相关的重要基因.