一种改进的Affymetrix外显子芯片原始数据分析方法

• 作者: 刘学军 张武军 张礼
• 来源期刊: 数据采集与处理
• 学科: 工学
• 关键词: 基因表达 选择性剪切 伽玛分布 概率模型 外显子芯片
• 年，卷（期）: 2013,（5）
• 页码范围: 572-579
• 页数: 8页
• 分类号: TP399
• 字数: 6406字
• 语种: 中文

摘要

选择性剪切与许多人类疾病有关,基因以及基因异构体水平的表达分析是揭示选择性剪切变化情况的常用研究方法,Affymetrix外显子芯片为测量基因以及基因异构体表达水平提供了一种重要方法.由于外显子芯片基于杂交技术进行设计,实验数据中存在大量噪声,并且选择性剪切导致一个探针往往对应多个剪切异构体,这些给剪切异构体表达水平的计算带来了挑战.为此在先前提出的基于伽玛分布的概率模型(Gamma model for exon array data,GME)基础上,提出了iGME模型,进行基因以及异构体表达水平的计算.该模型利用已知的基因剪切异构体与探针的对应关系,模拟了条件独立的探针特性.通过采用真实实验数据进行验证,并与传统方法进行比较,结果表明iGME模型获得了较高的计算精度和更快的计算速度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张礼	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	12	38	4.0	5.0
2	刘学军	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	31	236	7.0	14.0
3	张武军	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	2	1	1.0	1.0