外显子芯片的数据分析和可变剪接预测的新算法

• 作者: 孙志贤 张成岗 杭兴宜 邓明华
• 来源期刊: 军事医学科学院院刊
• 学科: 生物学
• 关键词: 外显子芯片 可变剪接 算法 基因表达
• 年，卷（期）: 2009,（5）
• 所属期刊栏目: 技术方法
• 页码范围: 465-468,472
• 页数: 5页
• 分类号: Q754
• 字数: 4248字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-9960.2009.05.019

摘要

可变剪接(alternative splicing)是产生高等真核生物蛋白质多样性的重要分子调控机制之一,众多研究表明,可变剪接可以改变蛋白质的结构和功能从而导致多种人类疾病.外显子芯片是Affymetrix公司开发的全基因组范围内检测外显子表达的高通量芯片系统,可通过检测外显子的差异表达来推断可变剪接事件.和传统的3′基因表达芯片相比,外显子芯片不仅探针(probe)设计的密度大,而且覆盖了全转录本中所有已知和预测的外显子.外显子芯片的数据分析包含基因和外显子两个水平的分析流程以及可变剪接预测部分.由于使用常规的芯片分析方法并不能有效地预测可变剪接事件,因此本文就现有的外显子芯片分析方法和流程进行综述,并着重介绍可变剪接事件预测的新算法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙志贤	军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室	58	358	11.0	15.0
2	张成岗	军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室	123	1156	18.0	28.0
3	杭兴宜	军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室	11	33	4.0	5.0
4	邓明华	北京大学数学科学学院北京大学理论生物学中心	16	115	5.0	10.0