溶藻弧菌HY9901外膜蛋白OmpH的基因克隆及其生物信息学分析

• 作者: 丁燏 吴灶和 周泽军 庞欢瑛 简纪常
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 溶藻弧菌 基因克隆 OmpH基因 外膜蛋白 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 116-122
• 语种: 中文

摘要

根据已发表的溶藻孤菌(Vibrio alginolyticus)全基因组序列设计1对特异性引物,PCR扩增溶藻弧菌HY9901株外膜蛋白OmpH的全长基因.结果显示,该基因(GenBank登录号:JX855924)全长573 bp,共编码190个氨基酸残基.根据推导的氨基酸序列预测其分子量约为21.1 kD,等电点为9.02.SignalP 4.0、TMHMM Server 2.0和SoftBerry-Psite预测结果显示,OmpH不存在信号肽与跨膜区,含有1个N-糖基化位点,6个磷酸化位点,1个内质网靶信号位点以及3个微体C末端靶信号位点.利用MAGE5.0软件,以邻位相连法构建OmpH系统进化树,结果显示,溶藻弧菌OmpH与副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、哈氏弧菌(Vibrio harveyi)等有较近亲缘关系.采用多种参数成功预测了OmpH可能的B细胞抗原优势表位,分别是第5-10、106-110、120-125、158-163和175-180区段.利用SWISS-MODEL软件,模拟了OmpH亚基三维结构模型,且与其同源蛋白大肠杆菌(Escherichia coli)Skp蛋白有相似构型.