凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ型基因4种不同剪切体的序列分析

• 作者: 何苹萍 彭敏 杨春玲 赵永贞 陈晓汉 陈秀荔
• 来源期刊: 上海海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 凡纳滨对虾 肌钙蛋白Ⅰ基因 剪切体 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术
• 页码范围: 807-814
• 分类号: S917
• 语种: 中文

摘要

采用RT-PCR技术克隆了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因全长编码序列,对其核苷酸序列和编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,并在对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的编码区查找了单核苷酸多态性位点.结果显示:本研究克隆获得了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的4个可变剪切体,其编码的蛋白质均具有Troponin超家族结构域特征,同源性比对发现该蛋白的氨基酸序列在节肢动物中高度保守.系统进化分析发现凡纳滨对虾Tn-Ⅰ3和Tn-Ⅰ4与中国对虾和小龙虾的Tn-Ⅰ遗传距离较近,而Tn-Ⅰ 1和Tn-Ⅰ2单独聚为一支,且与其他物种Tn-Ⅰ遗传距离较远;通过测序比较不同个体凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因序列发现在Tn-Ⅰ的4种不同剪切体编码区共同序列区第302位和472位碱基分别存在2个(A/G) SNP位点,其中位于第302位碱基的(A/G)错义突变使编码氨基酸由甘氨酸变为了谷氨酸(G/E).凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因不同剪切体及编码区错义突变的发现为进一步探讨其基因功能奠定了基础.