猪脂多糖结合蛋白基因(LBP)的密码子偏好性分析

• 作者: 包文斌 吴圣龙 吴正常 朱世平 王靖 訾臣 赵乔辉
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 猪 脂多糖结合蛋白基因(LBP) 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2013,（10）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1135-1144
• 页数: 10页
• 字数: 5354字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2013.10.001

摘要

脂多糖结合蛋白(lipopolysaccharide-binding protein,LBP)是机体识别革兰氏阴性菌内毒素并启动免疫反应的关键因子.为了了解LBP基因的密码子使用特性,为其选择合适的受体动物以及最佳外源表达系统提供依据,本研究运用CHIPS、CUSP和CodonW在线程序分析自主电子克隆的猪(Sus scrofa)LBP基因(GenBank登录号:NM-001128435.1)的密码子偏好性,并与猪8种抗病相关基因、模式生物基因组以及其他物种LBP基因相比较.结果表明,猪LBP基因大部分偏好使用以G/C结尾的密码子,27种偏好密码子(相对使用度(RSCU)＞1)中偏好性较强的有GCC、CAC、CTG和TCC(RSCU≥2),而猪8种抗病相关基因有23种偏好密码子,全部以G/C结尾,并且偏好性较强的密码子有GCC、ATC、CTG和GTG;通过比较14种动物的LBP基因密码子偏好性,发现14个物种的LBP基因表达水平一般,并且都偏好以G/C结尾的密码子;聚类分析发现,偶蹄目猪与2种食肉目动物(猫(Felis catus)和狗(Canis)聚为一类,与系统分类关系不一致;在密码子的使用频率上,猪LBP基因与小鼠(Mus musculus)基因组的差异小于大肠杆菌(Escherichia coli)和酵母菌(Saccharomyces)等2种模式生物基因组,故小鼠更适合作为该LBP基因的外源表达宿主.本研究结果为LBP基因在动物遗传改良中选择合适的受体动物、选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供一定的理论依据.