核盘菌和灰葡萄孢菌CCCH锌指蛋白基因的鉴定和比较分析

• 作者: 张金国 潘小翠 管铭 胡佳渭 蒋明
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: CCCH锌指蛋白 核盘菌 灰葡萄孢菌 基因组
• 年，卷（期）: 2013,（8）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1118-1124
• 语种: 中文

摘要

CCCH锌指蛋白(zinc finger proteins)广泛分布于动物、植物和微生物之中,在RNA代谢过程中起着重要作用,通过鉴定核盘菌和灰葡萄孢菌Zf基因,为基因克隆、表达分析和功能研究奠定基础.本研究以核盘菌和灰葡萄孢菌全基因组序列为材料,运用生物信息学的手段开展Zf基因的全基因组鉴定和分析.经分析,核盘菌和灰葡萄孢菌各有11个Zf基因,它们的开放性阅读框全长分别为633～3741bp和633～3486bp；共检测到55个CCCH锌指基序,以C-X7-C-X5-C-X3-H(22个)和C-X8-C-x5-C-X3-H(21个)最为常见,其中C-X8-C-X6-C-X3-H和C-X7-C-X6-C-X3-H为2种新发现的基序类型；进化分析结果表明,22个Zf基因聚为4组,除SS1G_13631、SS1G_09360、BC1T_00310和BC1T_05217外,核盘菌和灰葡萄孢菌的Zf基因分别位于不同的小分支,该结果与Zf基因的基因结构、基序数量和分布情况一致.