茎瘤固氮根瘤菌Azorhizobium caulinodans ORS571基因组密码子使用偏好性分析

• 作者: 吴亮 安伟 朱生凤 王新新 赵林 陈宇
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 对应分析 相关分析 卡方检验 固氮 最优密码子
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 768-774
• 语种: 中文

摘要

目前对于自生固氮菌和共生固氮菌的密码子使用特征已有较深入的了解,然而对于既可以进行自生固氮又可以共生固氮的固氮菌的认识仍十分有限.本研究采用对应分析、相关分析和卡方检验等方法对具有这一特征的茎瘤固氮根瘤菌ORS571基因组密码子进行分析,以期深入了解该类固氮菌密码子使用特征.以有效密码子数量(ENC)和密码子第3位GC含量(GC3s)分别为x、y轴绘制ENC-plot 图谱,同时绘制描述仅受基因组碱基组成影响条件下的ENC和GC3s关系的期望曲线.结果发现,部分基因位于期望曲线上,说明该菌密码子偏好性受到了基因组碱基组成影响.对应分析和相关分析表明,包括固氮相关基因在内的全部基因在对应分析第1向量轴上的坐标值均与密码子适应指数和GC3s呈显著负相关(P＜0.05),说明该菌码子偏好性还受基因表达水平和GC3s的影响.22个密码子的使用频率在高表达基因中显著增多,确定为最优密码子.其中21个密码子以G/C结尾,说明最优密码子有强烈的GC3s偏好.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵林	天津大学环境科学与工程学院	134	1372	17.0	29.0
2	陈宇	天津大学环境科学与工程学院	20	69	6.0	7.0
4	安伟		24	82	5.0	8.0
5	王新新	天津大学环境科学与工程学院	2	11	2.0	2.0
9	吴亮		17	20	3.0	4.0
10	朱生凤		4	40	3.0	4.0