不同作物FAD2基因密码子偏好性分析

• 作者: 单天雷 孙学振 宋宪亮 袁延超 郭玉平
• 来源期刊: 山东农业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: FAD2基因 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2013,（7）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·种质资源
• 页码范围: 24-28,32
• 页数: 6页
• 分类号: Q755
• 字数: 4009字
• 语种: 中文

摘要

本研究运用多种软件对12种作物的FAD2基因进行密码子偏好性分析.结果表明:FAD2基因在12种作物中密码子使用偏好性差异很大,禾本科作物玉米、水稻、高粱的FAD2基因有效密码子数(Effective Number of Codons,ENC)在30左右,为偏好性很强的基因；油料作物油菜和亚麻的FAD2基因的ENC值分别为45.49和48.58,为一般偏好性基因；另外6种油料作物和模式植物拟南芥的FAD2基因ENC值都大于50,偏好性较弱.玉米、水稻、高粱、油菜、亚麻、花生和拟南芥的FAD2基因偏好以G或C碱基结尾的密码子,其余5种油料作物的FAD2基因偏好使用以A或T结尾的密码子.在12种作物中,密码子CTC的RSCU值都大于1,属于高频使用的密码子；而CTA、ATA、GTA、AGT、CCC属于低频密码子.在聚类分析中,12种作物基于FAD2基因密码子用法与基于CDS序列的聚类结果大体一致.