酿酒酵母核小体定位理论模型的体外实验验证

• 作者: 王成爱 蔡禄 赵宏宇 邢永强 邵灵利
• 来源期刊: 生命科学研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 酿酒酵母 核小体定位 位置权重矩阵 盐透析法 体外实验
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 21-27
• 页数: 7页
• 分类号: Q751
• 语种: 中文

摘要

核小体定位对真核生物基因表达调控发挥着重要作用.前期基于核小体核心及连接区域的k-mer频次分布偏好性,构建了位置权重矩阵算法,并在酿酒酵母基因组内较好地预测了核小体占据率.利用该理论模型,以1 bp碱基为步长、147 bp碱基为窗口,用该算法计算了酵母1号、3号、14号染色体上核小体形成能力强、中、弱各3条长度为147 bp的DNA序列,将这些片段克隆到重组质粒中,大量扩增回收9条标记biotin分子的目的序列.同时分别表达纯化了组蛋白H2A、H2B、H3和H4,复性后装配形成组蛋白八聚体结构.利用盐透析方法将9条DNA序列在体外组装形成核小体结构,经biotin标记检测后计算了反应过程的吉布斯自由能,对比了9条目的序列形成核小体的亲和力大小.研究发现,9条序列中有5条序列与理论预测完全符合,4条序列与理论预测不完全一致.实验结果与该算法预测的核小体定位结果基本一致,表明该理论模型能够有效预测酿酒酵母基因组核小体占据水平.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡禄		128	509	11.0	16.0
2	邢永强		15	17	2.0	3.0
3	赵宏宇		39	136	6.0	10.0
4	王成爱		3	3	1.0	1.0
5	邵灵利		1	0	0.0	0.0