脆蛇转录组序列的分析和系统发育定位

• 作者: 周德敏 夏钢 徐通 祝静静 郑永祥 高虹 鲍秋颖 黎万顺
• 来源期刊: 华东师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 脆蛇 Ophisaurus harti 系统发育 转录组 cSSR
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 102-112
• 页数: 11页
• 分类号: Q111
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-5641.2014.04.013

摘要

脆蛇是一种类似于蛇但是又具有蜥蜴的特征的爬行动物,这些矛盾的特性与脆蛇的系统发育分类学有密切的关系.脆蛇在传统中药中也有很多治疗作用.基于这些方面,本研究利用高通量测序方法对脆蛇胃肠道的转录组序列进行检测,组装和注释.最终获得4.6 Gbp高质量的数据,组装获得58 959个单一的基因,其中35 708(60.56％)个单一基因与数据库的基因相匹配.为了确定脆蛇与蛇和蜥蜴的同源进化关系,对同源基因家族和系统进化树进行了分析,结果显示脆蛇的转录组序列更接近于蛇而不是蜥蜴.除此之外还鉴定了10 613 cSSR标签,其中1 644个标签根据严格的标准能够用至少一个引物获得.本研究第一次揭示了脆蛇胃肠道的转录组序列,确定其在系统发育学上的定位.这些序列和标签为脆蛇的研究提供了重要的资源.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高虹	华东师范大学科学与技术跨学科高等研究院	3	1	1.0	1.0
2	祝静静	华东师范大学科学与技术跨学科高等研究院	1	1	1.0	1.0
3	鲍秋颖	华东师范大学科学与技术跨学科高等研究院	1	1	1.0	1.0