基于MapReduce的基因读段定位算法

• 作者: 杨明 涂金金 郭丽娜
• 来源期刊: 模式识别与人工智能
• 学科: 工学
• 关键词: 读段定位 SeqMap MapReduce
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 所属期刊栏目: 论文与报告
• 页码范围: 206-212
• 页数: 7页
• 分类号: TP311
• 字数: 4404字
• 语种: 中文

摘要

RNA-seq测序技术的高速发展所产生的海量数据在执行效率上给原有读段定位算法带来严峻的挑战。为此，提出基于MapReduce的不跨越剪切位的空位种子索引算法( PSeqMap )和跨越剪切位的空位种子索引算法( PJuncSeqMap)，以及一种负载平衡解决方案。该算法利用MapReduce框架实现空位种子索引算法的并行化，在拟南芥菜基因数据集上的实验结果表明文中提出的算法能够充分利用集群的存储和计算能力，高效处理海量基因数据。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨明	南京师范大学计算机科学与技术学院	58	1074	15.0	32.0
2	郭丽娜	南京师范大学计算机科学与技术学院	5	22	3.0	4.0
3	涂金金	南京师范大学计算机科学与技术学院	4	19	2.0	4.0