基于RNA-Seq技术的毕赤酵母基因组重注释及新型强启动子的发现与序列分析

• 作者: 亓飞 周祥山 张元兴 蔡孟浩
• 来源期刊: 华东理工大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 毕赤酵母 RNA-Seq 基因组重注释 启动子
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 167-175
• 页数: 9页
• 分类号: Q933
• 字数: 6243字
• 语种: 中文

摘要

使用RNA-Seq技术,对毕赤酵母进行了转录组测序.基于测序结果,对现有毕赤酵母基因组进行了重注释,修正了基因组序列中的错误位点861处,发现了新转录本249个及可变剪切现象83个,并更正了553个转录本的错误注释.经过表达谱分析,在毕赤酵母中发现了2个新型强启动子,分别命名为P437和P1431,其驱动的转录本的最高转录水平分别为AOX1基因的1.78倍和3.40倍.序列分析显示,P437和P1431序列中存在着多个酵母转录因子的结合位点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张元兴	华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室	126	951	16.0	24.0
2	周祥山	华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室	31	233	8.0	14.0
3	蔡孟浩	华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室	10	13	2.0	3.0
4	亓飞	华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室	1	3	1.0	1.0