海洋稀有放线菌 Salinispora arenicola CNP193基因组新颖PKS 和NRPS基因簇的发掘

• 作者: 刘姝 吕明生 房耀维 潘建梅 焦豫良 牛军 王淑军 陈国强
• 来源期刊: 海洋科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因簇发掘 新颖PKS基因簇 新颖NRPS基因簇 产物预测
• 年，卷（期）: 2014,（12）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 48-57
• 页数: 10页
• 分类号: Q933
• 字数: 5300字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11759/hykx20131113001

摘要

利用基因组发掘技术,从海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组序列中发掘新颖PKS和NRPS基因簇,并初步预测基因簇对应产物,为新颖聚酮化合物的发现,基因簇的异源表达和利用组合生物合成技术对化合物结构进行改造提供信息。在利用antiSMASH 对S. arenicola CNS 205和S. arenicola CNP193次级代谢产物基因簇进行预测,并经过NRPS-PKS knowledgebase验证的基础上,以S. arenicola CNS 205基因簇为对照,初步选择新颖基因簇；进一步用NCBI Blast和NapDos分析判断基因簇的新颖性后获得3个新颖基因簇：基因簇7,基因簇10和基因簇20。结合 antiSMASH 对基因簇核心结构的预测和与已知功能同源性基因簇, NCBI Blast比对的同源序列,以及NapDos对个基因簇中KS domain 和C domain 的进化分析等信息,初步表明基因簇7和基因簇20的对应产物分别为烯二炔类和有半胱氨酸及其他氨基酸参与合成的肽类化合物。由于基因簇10得到的信息较少,不能预测其代谢产物。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕明生	淮海工学院海洋学院	44	293	9.0	15.0
2	王淑军	淮海工学院海洋学院	92	734	13.0	22.0
3	房耀维	淮海工学院海洋学院	40	228	8.0	13.0
4	刘姝	淮海工学院海洋学院	37	180	7.0	11.0
5	焦豫良	淮海工学院海洋学院	36	123	6.0	9.0
6	潘建梅	淮海工学院海洋学院	16	63	4.0	7.0
7	牛军	淮海工学院海洋学院	2	8	2.0	2.0
8	陈国强	淮海工学院海洋学院	11	44	4.0	6.0