京海黄鸡 GnRHR 基因克隆、生物信息学及组织表达分析

• 作者: 张涛 张跟喜 樊庆灿 王文浩 王永娟 王金玉 韩昆鹏
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 京海黄鸡 GnRHR 克隆 生物信息学分析 组织表达
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 页码范围: 45-53
• 页数: 9页
• 分类号: Q78
• 字数: 8177字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2014.05.009

摘要

旨在根据GenBank 上公布的原鸡GnRHR基因序列设计2对引物，采用RT-PCR方法，从京海黄鸡肌肉组织中克隆GnRHR基因的编码区序列，并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析，分析GnRHR基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构、三级结构等。同时为GnRHR基因和β-actin基因各设计1对引物，采用RT-qPCR的方法研究GnRHR基因在京海黄鸡12个组织和器官中的表达情况。最终成功克隆了京海黄鸡GnRHR基因完整的编码区序列和部分侧翼序列，Blast结果显示，京海黄鸡GnRHR基因与原鸡、番鸭、藏羚羊、野猪、马、小鼠、大鼠、家兔、绵羊、人、牛、黑猩猩和斑马鱼的同源性分别为99．7％，86．7％，55．7％，54．6％，52％，51．6％，50．8％，50％，49．9％，49.6％，49．4％，47．4％和39．3％，并成功构建系统发育树。蛋白质结构分析显示，GnRHR蛋白分子量为45．432 kDa，理论等电点为9．55，包含20种氨基酸，其中，亮氨酸含量最高，占13．8％，赖氨酸含量最低，占0．7％；不稳定系数为65．35，显示该蛋白不稳定；脂溶指数为95．54，总平均疏水指数为0．312，为非水溶性蛋白；该蛋白不属于分泌型蛋白，主要存在于胞膜上，没有信号肽结构，存在16个潜在磷酸化位点和11个糖基化位点；保守结构域分析显示存在2个低复杂度序列和7段跨膜结构，跨膜分析显示该蛋白为7次跨膜蛋白，二级结构预测结果显示，在GnRHR二级结构中，α-螺旋占29．83％，β-折叠占17．18％，无规则卷曲占52．98％，GnRHR蛋白三级结构为复杂的7次跨膜螺旋结构，且为单链蛋白。组织表达分析显示，GnRHR基因主要在垂体中高表达，表达量显著高于其他组织，在其他11个组织和器官中表达量较低。