细菌萜类合成酶的生物信息学分析

• 作者: 李广林 程甜 郝志强 魏强
• 来源期刊: 微生物学通报
• 关键词: 细菌 萜类合成酶 生物信息学
• 年，卷（期）: 2015,（10）
• 所属期刊栏目: 基础微生物
• 页码范围: 1877-1887
• 语种: 中文
• DOI: 10.13344/j.microbiol.china.140983

摘要

[目的]目前对于萜类合成酶(Terpenoid synthase,TPS)的研究主要集中在植物和真菌中,而对细菌TPS的系统研究尚少.建立在大量已经被测序的细菌基因组基础上,利用生物信息学方法,对细菌TPS在全基因组范围内进行识别、分类和功能分析.[方法]利用TPS的隐马尔科夫模型(Pfam编号为PF03936)搜索自建的细菌蛋白质组数据库,预测出细菌TPS.对这些候选TPS的蛋白序列用MAFFT 7.130b进行多序列比对,并利用MEGA 6.0对多序列比对结果进行进化分析.利用MEME和PredictProtein分别进行细菌TPS的基序(Motifs)和点突变分析.[结果]建立在生物信息学分析的基础上,1 423条细菌TPS被识别,它们分布在8个门中,即放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和衣原体门(Chlamydiae).进化分析表明细菌TPS可分为4大类,Motifs分析表明除了各类之间保守的基序(Motifs)外,还有特异的Motifs,这暗示着细菌TPS在不同类别之间的功能分化.点突变分析表明,细菌TPS不同位点的氨基酸突变对TPS功能的影响不同.[结论]细菌TPS主要分布于8个门中,其中在2个门中细菌TPS尚未见报道,即厚壁菌门(Firmicutes)与酸杆菌门(Acidobacteria).基于进化分析,可以把细菌TPS分为4类,各类之间的差异可能是由类特异的Motifs决定的,另外细菌TPS不同氨基酸位点的突变分析为今后验证TPS的功能提供了很好的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	魏强	陕西师范大学生命科学学院	16	107	5.0	10.0
2	郝志强	陕西师范大学生命科学学院	2	5	2.0	2.0
3	李广林	陕西师范大学生命科学学院	13	110	5.0	10.0
4	程甜	陕西师范大学生命科学学院	2	9	2.0	2.0