生物信息学方法预测高分子蛋白质twitchin的一级结构

• 作者: 丁枫 包玉龙 吕璐 石艳春 薛成芳 郑源强 韩新荣
• 来源期刊: 中国生物制品学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 生物信息学 基因组 twitchin 同源蛋白
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 138-141
• 分类号: Q-4|Q516
• 语种: 中文

摘要

目的 预测高分子蛋白质twitchin基因的exon-intron结构,并确定其一级结构及结构域.方法 利用生物信息学方法,从霸王莲花青螺(Lottia gigantea)基因组数据中探索有无twitchin的基因,预测twitchin的基因exon-intron 结构及twitchin mRNA组成,从而确定该蛋白的一级结构,并检测其结构域;与同源蛋白进行序列比对,绘制系统树,了解其在系统进化中的位置.结果 在霸王莲花青螺基因组数据中存在twitchin的基因,且该蛋白基因在基因组中横跨220 000 bp的序列区域(「sca_38」的149 839-367 346区域),预测编码twitchin的mRNA约由13000bp组成,推算相对分子质量约为480 000,该蛋白由Ig、Fn、kinase结构域和unique序列组成,与贻贝twitchin相比较,他们之间具有较高的同源性.结论 在霸王莲花青螺中存在twitchin的基因,预测和确定了该蛋白质的一级结构.