文蛤生长因子受体结合蛋白2(GRB2)基因克隆、时空表达及SNP位点筛查

• 作者: 姚韩韩 施沈佳 林志华 董迎辉 赵家熙 阮文斌 高晓艳
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 文蛤 生长因子受体结合蛋白2(GRB2) 克隆 SNP
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 页码范围: 1324-1332
• 分类号: Q785|S966.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20141209592

摘要

为探索贝类GRB2基因的结构、功能特征,以及在贝类生长发育过程中的作用,实验通过已构建的文蛤转录组文库,利用SMART RACE技术扩增得到了文蛤GRB2基因的cDNA全长序列,对其生物信息学、组织及发育阶段表达特征进行了分析,并利用直接测序方法在外显子中筛选SNP位点.结果显示,GRB2基因cDNA全长1 791 bp,开放阅读框669 bp,编码223个氨基酸,蛋白由SH-SH2-SH3 3个结构域组成;氨基酸序列比对发现,文蛤GRB2与泥蚶的同源性最高,达到65.6％,与脊椎动物的同源性都在60％以上,说明GRB2基因在进化过程中比较保守.荧光实时定量PCR(qRT-PCR)结果表明,GRB2在文蛤6个组织和10个发育时期中均有表达,但不同组织间的表达量并没有显著差异;发育时期中的表达量呈现逐渐升高的趋势,在壳顶幼虫时期达到最高,之后表达量又有所降低.SNP位点的筛选结果表明,在GRB2基因的外显子区域共发现16个SNP位点.