构建 SLE 患者 novel microRNA 差异性表达谱及其靶基因的功能分析

• 作者: 丘衍博 何桂芳 叶素惠 戴勇 李朝辉 缪蕙 钟馨 陈文标
• 来源期刊: 西安交通大学学报（医学版）
• 关键词: 系统性红斑狼疮 新小核糖核酸 靶基因 差异性表达 GO 富集 KEGG 通路
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 页码范围: 225-231
• 页数: 7页
• 分类号: R593.24|R343.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.7652/jdyxb201502016

摘要

目的：构建系统性红斑狼疮(SLE)患者与健康对照者(NC)新小核糖核酸(novel microRNA)的差异性表达谱；对显著性差异表达的 novel microRNA 进行靶基因预测,对靶基因的 GO(gene ontology)及 KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)的功能进行分析,探讨 SLE 的发病机制。方法运用高通量测序技术(high-throughput sequencing)获得 SLE 与 NC 总的 RNA,对总 RNA 进行长度分布、基因比对、RNA 分类注释、RNA 特有及公共序列统计后,运用 Mireap 软件预测 novel microRNA。得到 novel microRNA 进行差异性表达分析,寻找两组之间具有显著性表达的 novel microRNA。采用 Targetscan 软件对差异性表达的 novel microRNA 进行靶基因预测,并选取靶基因借用 DAVID 功能注释软件对其参与的生物学过程进行 GO 富集及 KEGG 通路分析。结果61个 novel microR-NAs 在 SLE 与 NC 组之间具有显著差异性表达,其中43个上调表达,18个下调表达。差异性表达 novel microRNA的靶基因主要富集在细胞与小分子结合、细胞器官与细胞膜、细胞代谢中。靶基因 KEGG 通路主要体现在粘附复合体通路中。结论SLE 与 NC 的 novel microRNA 存在差异性表达。差异性表达 novel microRNA 的靶基因可能在SLE 的发病机制与临床症状中起着重要作用,可能作为特异性靶点深入研究。