蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟

• 作者: 张少龙 张庆刚 张怿慈 林云
• 来源期刊: 山东科学
• 学科: 化学
• 关键词: 蛋白质折叠 分子动力学 GPU计算 GB-Neck2 ff12SB力场
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 其他研究论文
• 页码范围: 96-103
• 页数: 8页
• 分类号: O641.12
• 字数: 3270字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3976/j.issn.1002-4026.2015.03.018

摘要

使用ff12SB力场和广义玻恩(GB-Neck2)隐性水模型在GTX670 GPU上对4个蛋白质CLN025 (2ZEI)、MHA6(2I9M)、Trp-Cage (1L2Y)、Villin (3TRW)的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟,2ZEI的折叠时间和均方根偏差为5.94 μs和0.897 (A),2I9M的折叠时间和均方根偏差为0.191 μs和1.142 (A),Villin的折叠时间和均方根偏差为4.23 μs和1.37 (A),Trp-Cage的折叠时间和均方根偏差为2.48 μs和0.63 (A).结果表明,蛋白质折叠模拟已经能够通过GPU计算在桌面计算机上实现.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张庆刚	山东师范大学物理与电子科学学院	71	240	8.0	11.0
2	张少龙	山东师范大学物理与电子科学学院	29	118	6.0	9.0
3	张怿慈	山东师范大学物理与电子科学学院	12	35	3.0	5.0
4	林云	山东师范大学物理与电子科学学院	1	1	1.0	1.0