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Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性
Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性
作者:
任禛
余磊
张永福
彭声静
徐胜光
李冰
王定康
陈泽斌
靳松
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
Illumina MiSeq
高通量测序
核桃
内生细菌
多样性
摘要:
应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元( OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和a-多样性。获得了用于分析的有效序列63183条,OTU数为103。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。核桃样品的Chao1指数为105.143,Shannon多样性指数为1.823。核桃内生细菌主要分布于鞘氨醇单胞菌属( Sphingomonas,27.27%)、盐单胞菌属( Halomonas,27.27%)、土壤杆菌属( Agrobacterium,45.45%),这3个属是核桃内生细菌优势菌属。
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内容分析
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内容分析
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相关文献总数
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(/年)
文献信息
篇名
Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性
来源期刊
江苏农业学报
学科
农学
关键词
Illumina MiSeq
高通量测序
核桃
内生细菌
多样性
年,卷(期)
2015,(5)
所属期刊栏目
园艺
研究方向
页码范围
1129-1133
页数
5页
分类号
S664.143.6
字数
3177字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1000-4440.2015.05.029
五维指标
传播情况
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节点文献
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高通量测序
核桃
内生细菌
多样性
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
江苏农业学报
主办单位:
江苏省农业科学院
出版周期:
双月刊
ISSN:
1000-4440
CN:
32-1213/S
开本:
大16开
出版地:
南京市孝陵卫钟灵街50号省农科院内
邮发代号:
28-113
创刊时间:
1985
语种:
chi
出版文献量(篇)
3989
总下载数(次)
8
总被引数(次)
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