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摘要:
应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元( OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和a-多样性。获得了用于分析的有效序列63183条,OTU数为103。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。核桃样品的Chao1指数为105.143,Shannon多样性指数为1.823。核桃内生细菌主要分布于鞘氨醇单胞菌属( Sphingomonas,27.27%)、盐单胞菌属( Halomonas,27.27%)、土壤杆菌属( Agrobacterium,45.45%),这3个属是核桃内生细菌优势菌属。
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文献信息
篇名 Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性
来源期刊 江苏农业学报 学科 农学
关键词 Illumina MiSeq 高通量测序 核桃 内生细菌 多样性
年,卷(期) 2015,(5) 所属期刊栏目 园艺
研究方向 页码范围 1129-1133
页数 5页 分类号 S664.143.6
字数 3177字 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.1000-4440.2015.05.029
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研究主题发展历程
节点文献
Illumina MiSeq
高通量测序
核桃
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多样性
研究起点
研究来源
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引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
江苏农业学报
双月刊
1000-4440
32-1213/S
大16开
南京市孝陵卫钟灵街50号省农科院内
28-113
1985
chi
出版文献量(篇)
3989
总下载数(次)
8
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36498
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