绿色杜氏藻转录组分析

• 作者: 刘浩 朱帅旗 杭雨晴 王何瑜 龚一富
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 绿色杜氏藻 转录组 注释 分类 甘油
• 年，卷（期）: 2015,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 830-838
• 页数: 9页
• 字数: 5496字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16288/j.yczz.15-032

摘要

为了深入了解绿色杜氏藻(Dunaliella viridis)基因信息及功能、耐盐相关通路(甘油脂代谢)及关键酶，本文首次通过Illumina HiSeqTM 2000高通量测序技术对绿色杜氏藻转录组进行测序，利用Trinity软件将数据组装形成转录本，对所有转录本进行COG(Clusters of Orthologous Groups)、GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto En-cyclopedia of Genes and Genomes)分类和功能注释、Pathway注释以及蛋白编码区(Opening reading fragment，ORF)的预测，并对甘油脂代谢通路关键酶基因进行了分析。转录组测序共获得81593个转录本，其中ORF共有77117条，约占所有转录本的94.50%。COG分类结果表明，16569条转录本被分为24个类别。GO分类结果表明，76436条转录本被注释。在所有注释分类中，生物学过程转录本数量最多，为30678条，占总转录本数的40.14%。KEGG分析结果表明，317个标准途径中包含26428条转录本，含转录本最多的类别是代谢，为9949条(37.65%)。与代谢有关的途径为131条，占所有注释途径的41.32%。在甘油脂代谢通路中仅发现1条关键酶转录本(二羟丙酮激酶)，该酶可能与绿色杜氏藻耐盐胁迫中甘油的合成有较大关系。本研究进一步完善了绿色杜氏藻的基因信息，为绿色杜氏藻代谢途径研究奠定了坚实的基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	龚一富	宁波大学海洋学院	54	342	11.0	16.0
2	朱帅旗	宁波大学海洋学院	17	79	4.0	8.0
3	杭雨晴	宁波大学海洋学院	3	27	2.0	3.0
4	刘浩	宁波大学海洋学院	9	46	3.0	6.0
5	王何瑜	宁波大学海洋学院	29	117	5.0	9.0