日本七鳃鳗物种特异性microRNAs及其前体的识别与验证

• 作者: 刘欣 张洁 李庆伟 李铁松 王继红 赵春晖
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 日本七鳃鳗 物种特异性miRNA 高通量测序 基因芯片
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 页码范围: 283-291
• 页数: 9页
• 字数: 4915字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16288/j.yczz.14-411

摘要

MicroRNAs(miRNAs)对参与多种生物代谢过程的基因在转录及转录后水平进行负调控。近年来，随着深度测序及芯片技术的应用，有关 miRNA的发现和功能分析在植物和动物中得到广泛研究。文章利用第二代测序技术对日本七鳃鳗(Lampetra japonica)白细胞的小RNA进行了高通量测序，共得到5207787条小RNA序列，其中4739346条序列可以拼接为10989种miRNA变体。基于序列相似性分析，发现这10989个变体序列与306个已知的保守miRNA家族成员序列相匹配；其中，6个保守miRNA家族成员呈极高丰度表达，表明miRNA在物种间具有保守性。70个未注释序列被预测为新的miRNA。通过miRNA微阵列技术鉴定与验证了34个新预测的miRNA在免疫处理的日本七鳃鳗白细胞中表达，其中16个miRNA前体的最低折叠自由能系数大于0.85，说明日本七鳃鳗存在特异性 miRNA。这些物种特异性 miRNAs 的存在可能在日本七鳃鳗的白细胞生长、发育和对疾病的反应中发挥重要的调控作用。