基于 RNA-Seq 的羊种布鲁氏菌新转录本与非编码 RNA 鉴定

• 作者: 庄妤冰 杜昕颖 杨明娟 柯跃华 汪舟佳 王玉飞 袁久云 郭英飞 陈泽良 龚春丽
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 布鲁氏菌 RNA-Seq 转录组 sRNA
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 论 著
• 页码范围: 216-221
• 页数: 6页
• 分类号: R378.5
• 字数: 4331字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2015.03.006

摘要

目的：对羊种布鲁氏菌的转录本进行测序，鉴定基因组中新的转录本和非编码RN A。方法提取羊布鲁氏菌的总RNA ，去除rRNA后连接接头逆转录成cDNA ，PCR扩增后进行测序，以羊布鲁氏菌16M的基因组序列为参照对测序得到的reads进行比对作图，通过生物信息学方法进行新转录本和非编码RN A的鉴定。结果测序数据分析显示，reads在基因组上覆盖度较好。与现有注释基因相比，有773个基因的5′或3′端在基因组的原有位置基础上发生了延伸，并发现了16个新的转录本。根据测序结果，共鉴定出241条候选的非编码RNA （sRNA ），进一步的RT‐PCR验证结果显示，预测的sRNA在体外条件下有表达。结论布鲁氏菌基因组中存在除了预测以外的新的转录本，布鲁氏菌中存在非编码RN A且在不同条件下有差异表达。