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基于全基因组预测莱茵衣藻的新miRNA及其靶基因
基于全基因组预测莱茵衣藻的新miRNA及其靶基因
作者:
乔代蓉
岳建宇
徐辉
曹毅
费忠安
郎小强
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
莱茵衣藻
miRNA
全基因组
比较基因组学
同源比对
靶基因
生物信息学
摘要:
莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)是一种重要的模式生物,其miRNA的发现相对较晚.为系统化地预测分析莱茵衣藻的miRNA,采用比较基因组和同源比对相结合的方法,根据miRbase中已知的莱茵衣藻miRNA序列以及前体的特点,并且基于莱茵衣藻的全基因组对其miRNA的前体序列和成熟miRNA进行系统的分析和筛选,使用unigene和JGI的莱茵衣藻相关序列数据库对预测结果进行靶基因预测和功能的分析.最终发现可能存在的miRNA 36条,其前体结构符合miRNA前体的基本特征且具有高度的同源性,两个数据库所得相匹配靶基因分别为64和32条,其中部分是与莱茵衣藻各项生命活动相关的基因.本研究表明莱茵衣藻的基因组中具有可能存在的新miRNA家族,并且部分有高度匹配的靶基因,为其后续研究提供了可靠的理论支持.
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外源基因表达
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莱茵衣藻
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基因克隆
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文献信息
篇名
基于全基因组预测莱茵衣藻的新miRNA及其靶基因
来源期刊
应用与环境生物学报
学科
生物学
关键词
莱茵衣藻
miRNA
全基因组
比较基因组学
同源比对
靶基因
生物信息学
年,卷(期)
2015,(1)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
68-74
页数
7页
分类号
Q811.4
字数
语种
中文
DOI
10.3724/SP.J.1145.2013.05021
五维指标
作者信息
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姓名
单位
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徐辉
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乔代蓉
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曹毅
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费忠安
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应用与环境生物学报
主办单位:
中国科学院成都生物研究所
出版周期:
双月刊
ISSN:
1006-687X
CN:
51-1482/Q
开本:
大16开
出版地:
成都市人民南路4段9号
邮发代号:
62-15
创刊时间:
1995
语种:
chi
出版文献量(篇)
3881
总下载数(次)
7
总被引数(次)
69679
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
期刊文献
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