莱茵衣藻CrDRBs基因的克隆和生物信息学分析

• 作者: 娄素琳 李辉 林鑫 胡章立 黄思敏
• 来源期刊: 深圳大学学报（理工版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 分子生物学 水生生物学 莱茵衣藻 微小RNA 双链RNA结合蛋白 基因克隆 蛋白结构
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 生物工程
• 页码范围: 523-528
• 页数: 6页
• 分类号: Q756
• 字数: 3677字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1249.2018.05523

摘要

双链核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)结合蛋白(double-stranded RNA-binding protein,DRB)是一类含有双链RNA结合结构域(dsRBD)的蛋白,在小核糖核酸(micro ribonucleic acid,microRNA或miRNA)的生物合成和作用方式选择方面起着重要作用.为获得莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii,C.reinhardtii)中所有CrDRBs的全长序列并进行生物信息学分析,从蛋白质功能结构域Pfam数据库中下载了dsRBD结构域模块,使用HMMER软件基于dsRBD检索C.reinhardtii全基因组序列,获得C.reinhardtii中4个含dsRBD结构域的CrDRB蛋白相关信息.抽提C.reinhardtii总RNA,反转录获得其cDNA,设计相应引物克隆获得其完整的基因ORF序列.设计实时荧光定量PCR引物,以actin基因为内参,分析C.reinhardtii各CrDRBs基因的相对表达.同源比对分析C.reinhardtii各CrDRBs蛋白的dsRBD序列.通过Phyre2软件在线预测其dsRBD的高级结构.将莱茵衣藻CrDRBs的dsRBD与拟南芥的5个DRB成员构建系统进化树分析,初步探讨分析莱茵衣藻CrDRBs各成员的的进化保守性.本研究共获得了4个菜茵衣藻双链RNA结合蛋白,均具有典型的dsRBD结构域,含有3个保守氨基酸.相比已报道的DUS16,其他3个CrDRBs的CDS序列较长,基因表达较高(除CrDRB2外).本研究为下一步揭示莱茵衣藻CrDRB在miRNA调控途径的功能奠定基础.