应用Solexa测序技术分析棉花不同抗病品种的数字表达谱

• 作者: 何兰兰 张薇 李会会 柴蒙亮 赵曾强 韩泽刚
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 陆地棉 枯萎病 Solexa 基因表达谱
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 651-662
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2015.04.0651

摘要

棉花枯萎病是一种危害严重的世界性病害,构建棉花枯萎病不同抗病品种的基因表达谱将为进一步研究棉花抗枯萎病的分子调控机制及筛选抗枯萎病相关基因奠定基础.本研究选用高抗枯萎病的陆地棉品种中棉所12和高感枯萎病的陆地棉品种新陆早7号为材料,利用Solexa高通量测序技术分析棉花幼苗根部组织中的基因表达情况.Solexa高通量测序后构建了多达350万个reads的标签文库,根据已知序列信息,显著差异表达基因1 080个,其中上调基因302个,下调基因778个.基因功能分析表明,已注释的显著差异表达基因可划分为分子功能、生物过程和细胞组件3个功能注释本体,并进一步细分为37个功能类别.鉴定出112条代谢通路,注释了1 238个显著差异表达基因,共涉及氨基酸代谢、多糖的生物合成和代谢、脂类代谢、能量代谢及信号转导等方面.在植物激素信号转导通路分析中,涉及到26个已知功能基因,4个基因编码AP2/ERF转录因子,4个基因与LRR类受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶或蛋白激酶有关,5个基因与蛋白磷酸酶2C有关,而这些基因都参与植物的抗病反应.随机抽取5个基因进行实时荧光定量PCR验证,其结果与测序结果一致.本研究初步揭示了棉花枯萎病抗感品种在转录组水平上的表达差异,获得了大量差异表达基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张薇	石河子大学农学院	36	135	6.0	9.0
2	赵曾强	石河子大学农学院	8	35	4.0	5.0
3	韩泽刚	石河子大学农学院	9	37	4.0	6.0
4	李会会	石河子大学农学院	6	22	3.0	4.0
5	柴蒙亮	石河子大学生命科学学院	10	37	4.0	6.0
6	何兰兰	石河子大学农学院	9	37	4.0	6.0