基于Matlab对解脂耶氏酵母基因组规模代谢网络模型仿真结果的可视化分析

• 作者: 简星星 花强 高琪
• 来源期刊: 微生物学通报
• 关键词: 基因组规模代谢网络模型 解脂耶氏酵母 可视化 CellDesigner RAVEN toolbox
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 所属期刊栏目: 微生物功能基因组
• 页码范围: 1752-1761
• 语种: 中文
• DOI: 10.13344/j.microbiol.china.140904

摘要

[目的]近十年来,基因组代谢网络模型迅速发展.通过构建基因组代谢网络模型进行计算机仿真模拟已成为研究生物体复杂的生理代谢不可或缺的工具.实现对仿真结果的可视化分析,可以直观地追踪模型中的代谢流向,从而更好地对仿真结果进行分析.[方法]在简要概述目前可视化方法的基础上,提出了一种基于Matlab实现基因组规模代谢网络模型仿真结果可视化的方法:通过CellDesigner预先绘制与模型相匹配的图,通过RAVEN toolbox中的函数于Matlab进行读图、并实现仿真结果的可视化.[结果]以解脂耶氏酵母基因组规模代谢网络模型iYL619_ PCP v1.7为对象,实现并阐明其仿真结果的可视化.[结论]通过该方法可以清晰地监测模型中的流量和流向变化,提高仿真结果的分析效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	简星星	生物反应器工程国家重点实验室华东理工大学生物工程学院	1	2	1.0	1.0
2	高琪	生物反应器工程国家重点实验室华东理工大学生物工程学院	1	2	1.0	1.0
3	花强	生物反应器工程国家重点实验室华东理工大学生物工程学院	1	2	1.0	1.0