曼氏迭宫绦虫四次跨膜蛋白(SmTSP)的生物信息学分析

• 作者: 吕刚 梁培 甘秀凤 符瑞佳 钟赛凤
• 来源期刊: 海南医学院学报
• 学科: 医学
• 关键词: 曼氏迭宫绦虫 四次跨膜蛋白 生物信息学分析 疫苗
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 592-596
• 页数: 5页
• 分类号: R38
• 字数: 4005字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13210/j.cnki.jhmu.20150318.005

摘要

目的:通过对曼氏迭宫绦虫的4次跨膜蛋白(SmTSP)潜在的生物学特征和参数进行分析,从而获得其具有的潜在生物学功能和应用价值.方法:利用美国国家生物技术信息中心(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(http://www.expasy.org/)提供的在线分析工具对编码蛋白的氨基酸序列的理化性质,跨膜结构和三维空间结构进行分析,同时利用Vector NTI suite和TreeView software生物信息分析软件进行编码氨基酸序列的相似性比对和进化树分析,利用CBS Prediction Servers BepiPred进行最大胞外环(LEL)的B细胞线性表位预测.结果:从文库中得到的SmTSP是全长基因,编码的蛋白是24.8 kDa,理论等点为7.88,是一个稳定的蛋白分子.编码该蛋白的氨基酸序列共有4个跨膜区,分别是TM1 aa16～38、TM2 aa58～ 80、TM3 aa87～109、TM4 aa200～222.LEL中含有CCG结构、PXSC结构、GC结构和含有9个二聚体结合位点的保守特征结构.SmTSP全长序列与多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫的相似性均能达到72％,但是与吸虫之间的相似性仅达到31％～59％,然而与人类相似性仅有23％,与小鼠的相似性最低,仅有17％.在进化树分析中,SmTSP与绦虫的亲源性在对比序列中是最近的,吸虫类次之,但是与埃及裂体吸虫和牛裂体吸虫、其他寄生虫(美洲钩虫和秀丽隐杆线虫)的亲源性相对较远,与哺乳动物亲源性最远.LEL有3个B细胞表位,分别是13 aa～21 aa、41 aa～63 aa和70 aa～76 aa.此外与人类四次跨膜蛋白的LEL中B细胞表位数量、分布的位置和编码的氨基酸都不同.结论:SmTSP可能是一个定位于虫体表膜并且具有应用前景的疫苗候选分子.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕刚	海南医学院热带医学与检验医学院病原生物学教研室	54	174	6.0	10.0
2	符瑞佳	海南医学院热带医学与检验医学院病原生物学教研室	10	16	3.0	3.0
3	梁培	海南医学院热带医学与检验医学院病原生物学教研室	10	15	3.0	3.0
4	钟赛凤	海南医学院热带医学与检验医学院病原生物学教研室	17	46	4.0	5.0
5	甘秀凤	海南医学院热带医学与检验医学院病原生物学教研室	16	81	5.0	8.0