基于基因芯片的前列腺癌转移高表达VCAN基因的生物信息学分析

• 作者: 李铁求 毛向明 滕伊漓 邹亚光
• 来源期刊: 中国医师杂志
• 关键词: 寡核苷酸序列分析 计算生物学 前列腺肿瘤/遗传学 肿瘤转移/遗传学 基因
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1364-1368
• 页数: 5页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1008-1372.2015.09.020

摘要

目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌转移相关VCAN基因以及蛋白的结构,为进一步研究其功能和参与的调控机制提供一定的理论依据.方法 在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌转移的相关基因芯片数据,利用BRB-ArrayTools软件、protparam、SMART、SignalP 4.0、TMHMM、NetPhos2.0、PredictProtein、SWISS-MODEL、GO、KEGG、STRING等生物信息学工具进行数据挖掘及生物信息学分析.结果 共筛选出前列腺癌转移共同差异基因73个,其中表达上调21个,表达下调52个,其中对前列腺癌转移高表达基因VCAN进行生物信息学发现,VCAN蛋白由3 396个氨基酸组成,该蛋白含有1个IG结构域、2个Link结构域,1个EGF结构域、1个EGF_CA结构域、1个CLECT结构域和1个CCP结构域,主要参与细胞黏附、透明质酸结合、钙离子结合、糖胺聚糖结合、细胞外基质、细胞黏附分子等分子功能及信号通路.结论 利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,VCAN可能在前列腺癌转移中发挥重要作用,有望成为前列腺癌转移的早期诊断标志物和治疗的新靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邹亚光	南方医科大学附属南方医院口腔科	29	180	8.0	12.0
2	毛向明	北京大学深圳医院泌尿外科	6	5	1.0	2.0
3	李铁求	湖南省马王堆医院泌尿外科	2	3	1.0	1.0
4	滕伊漓	湖南省马王堆医院泌尿外科	3	3	1.0	1.0