大熊猫源轮状病毒CH-1株VP3基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 侯蓉 兰景超 刘丹 廖红 杨绍林 郝中香 郭玲 颜其贵 齐敦武
• 来源期刊: 黑龙江畜牧兽医（上半月）
• 学科: 农学
• 关键词: 大熊猫 轮状病毒 VP3基因 克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2015,（6）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 4-8,283
• 页数: 6页
• 分类号: S852.65+9.4|S858.9
• 语种: 中文

摘要

为了研究大熊猫轮状病毒VP3基因,为以后研究此基因的生物学功能、建立该病毒的检测方法以及研制新型大熊猫轮状病毒基因疫苗奠定基础,试验采用MA-104细胞培养增殖大熊猫轮状病毒CH-1株,提取总RNA,运用RT-PCR扩增外衣壳蛋白VP3基因,将其与pMD19-T Simple载体连接并转化DH5α,经PCR扩增和测序分析进行鉴定,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树.结果表明:成功获得大熊猫轮状病毒VP3蛋白基因,长为2 591 bp,包含1个2 508 bp的开放阅读框,编码835个氨基酸,测序结果在GenBank中的登录号为HQ641295.VP3蛋白基因编码产物分子质量为97 937.91 u,最大疏水指数为2.256,最小疏水指数为-3.000;无信号肽序列;无跨膜结构;在线预测VP3有37个抗原表位;预测其可能包含10个N-糖基化位点,1个cAMP-cGMP独立蛋白激酶磷酸化位点,20个蛋白激酶C磷酸化作用位点,18个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点,1个酪氨酸激酶磷酸化作用位点,5个N-豆蔻酰化位点.大熊猫轮状病毒的VP3基因与猪轮状病毒VP3基因的进化距离最近.