猪轮状病毒贵州株VP7基因克隆及生物信息学分析

• 作者: 冯旭芳 周碧君 张双翔 文明 毛黎红 温贵兰 王开功 程振涛
• 来源期刊: 畜牧与兽医
• 学科: 农学
• 关键词: 猪轮状病毒 VP7 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 兽医科技
• 页码范围: 87-93
• 页数: 7页
• 分类号: S852.6
• 字数: 3790字
• 语种: 中文

摘要

为了解贵州省猪轮状病毒(PoRV) VP7蛋白的结构及功能,根据GenBank发表的猪轮状病毒VP7基因序列设计1对特异性引物,扩增1株猪轮状病毒贵州流行株VP7基因全序列并进行序列测定及生物信息学分析.结果显示:VP7基因全长为1 062 bp,包含一个981 bp的开放发阅读框,编码326个氨基酸,氨基酸突变主要发生在高变区.与已知的14个国内外参考毒株VP7核苷酸和推导的氨基酸序列比较,同源性分别为71.5％ ～97.0％和72.4％ ～ 98.7％,与G4型毒株核苷酸同源性及推导的氨基酸同源性分别为86.6％ ～97.0％和92.9％～ 98.7％.核苷酸系统进化树结果显示,贵州流行株与G4型毒株CMP070/09属同一个分支,因此推测贵州流行株为G4型猪轮状病毒.预测PoRV VP7蛋白理论相对分子质量为37.2 ku,等电点为4.75,半衰期为30 h,不稳定系数为31.22;跨膜结构及信号肽分析表明VP7蛋白有2个跨膜区,无信号肽区域;抗原表位预测显示VP7蛋白在第69 ～ 104、145～ 150、176～ 183、210 ～224、311～ 321位及其附近肽段可能为其优势抗原表位;结构预测显示,VP7蛋白存在1个N-糖基化作用位点、14个磷酸化位点,不存在O-糖基化位点.