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一个基于PHG平台的并行有限元生物分子模拟解法器
一个基于PHG平台的并行有限元生物分子模拟解法器
作者:
卢本卓
许竞劼
谢妍
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
解法器
PHG
生物溶液
静电场
扩散
算法
摘要:
本文介绍一个面向生物分子模拟的并行有限元解法器,该解法器基于三维并行自适应有限元软件平台PHG[1],计算并模拟在生物溶液系统在静电场下的扩散过程.该解法器的最新版本在已有算法的基础上[2],添加了整体求解、含时求解等一些新算法,规范并扩展了边界条件的选取,并整合多项辅助功能,现提供对于Poisson-Nernst-Planck (PNP)方程的两个含时算法和四个稳态算法,以及对于Smoluchowski-Poisson-Boltzmann (SPB)方程的一个稳态算法.解法器可模拟生物分子,离子通道和纳米管等模型,通过有限元方法计算静电场和离子浓度分布,并计算电流强度、反应速率等物理量,可研究离子通道的选择机理,酶的催化反应过程及反应速率等问题.相关软件、工具和进展见www.continuummodel.org.
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篇名
一个基于PHG平台的并行有限元生物分子模拟解法器
来源期刊
数值计算与计算机应用
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关键词
解法器
PHG
生物溶液
静电场
扩散
算法
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期刊影响力
数值计算与计算机应用
主办单位:
中国科学院数学与系统科学研究院
出版周期:
季刊
ISSN:
1000-3266
CN:
11-2124/TP
开本:
16开
出版地:
北京市海淀区中关村东路55号
邮发代号:
2-413
创刊时间:
1980
语种:
chi
出版文献量(篇)
771
总下载数(次)
2
总被引数(次)
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