新生隐球菌毒力差异菌株的全基因组测序及毒力相关基因的筛选

• 作者: 刘涛华 吕倩 康颖倩 牟丽丽 王颜颜 赵亮 陈玉如
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 关键词: 新生隐球菌格鲁比变种 微卫星基因分型 全基因序列分析 毒力
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 细菌学
• 页码范围: 103-109
• 页数: 7页
• 字数: 5903字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2016.02.005

摘要

目的：了解及分析新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var grubii)两组毒力差异明显的多位点微卫星型(multilocus microsatellite typing,MLMT)菌株的全基因组序列,筛选出引起其毒力差异的相关基因。方法选取毒力差异最为明显的不同基因型菌株各1株进行全基因组重测序,运用比较基因组学方法全面分析测序结果,使用非同义 SNPs(non-synonymous SNPs,nsSNPs)、无义突变 SNPs、产生移码突变 InDels 的策略广泛筛选差异基因。对筛选出的基因在所有实验菌株中进行 DNA 测序验证,并提取总 RNA,采用快速扩增5′和3′cDNA 末端(rapid amplification of 5′ and 3′cDNA ends,RACE)技术,克隆后测序获得对应基因的完整 cDNA 全长序列信息。结果通过全基因组重测序,环境株 IFM56731和临床株 IFM56800均分别获得127倍和111倍覆盖率的有效数据。分别对 SNPs 和 InDels 数据进行统计分析,应用无义突变 SNPs 和产生移码突变的 InDel 分别筛选出3个差异基因。对筛选出的6个基因在所有实验菌株中进行扩增测序,并对其中3个基因进行 cDNA的测序分析,最终确定基因 CNAG_01032的转录序列位置和结构,并验证了预测的无义突变位点存在于实际的 mRNA 中。结论本研究通过全基因重测序数据分析证明,应用无义突变 SNPs 和产生移码突变的 InDels 进行差异基因筛选的策略具有较好针对性,并筛选出6个潜在与毒力相关的基因,通过对所有实验菌株的测序和对全长 cDNA 的测序验证,最终筛选出基因 CNAG_01032为可能引起菌株毒力差异的基因。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈玉如	贵阳市第五人民医院检验科	2	4	1.0	2.0
2	赵亮	贵州医科大学微生物学教研室	8	3	1.0	1.0
3	吕倩	贵州医科大学微生物学教研室	6	22	3.0	4.0
4	刘涛华	贵州医科大学微生物学教研室	7	23	3.0	4.0
5	康颖倩	贵州医科大学微生物学教研室	12	27	3.0	4.0
6	牟丽丽	贵州医科大学微生物学教研室	6	23	3.0	4.0
7	王颜颜	贵州医科大学微生物学教研室	6	21	3.0	4.0