一株HIV-101_AE/07_BC独特重组病毒近全长基因组分析

• 作者: 于国龙 何翔 周平平 林鹏 赵锦 陈琳 颜瑾 黄旭和
• 来源期刊: 中国热带医学
• 学科: 医学
• 关键词: HIV-1 重组 近全长基因组 系统进化
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 1064-1069
• 分类号: R512.91
• 语种: 中文
• DOI: 10.13604/j.cnki.46-1064/r.2016.11.04

摘要

目的 对在深圳发现的一例gag和env基因片段亚型不一致的HIV感染者样本进行近全长基因组扩增和序列分析,以了解其重组特征并分析可能的来源.方法 利用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列,使用SimPlot 3.5软件分析全长基因组序列中的重组断点,并采用分片段构建进化树的方法确认重组断点.对长度超过300 bp的片段与相应亚型的全部近全长基因组序列构建进化树,分析亲本毒株可能的来源.结果 经扩增测序获得1条长度为8 975 bp的HIV-1近全长基因组序列.断点分析结果表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组两成,重组断点相应于HXB2的位置分别为1 185、1 817、8 782、9043和9216,其中片段Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ来源于CRF01_AE毒株,片段Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ来源于CRF07_BC毒株.亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅱ成簇的CRF07_BC序列主要来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为74％,片段Ⅲ与CRF01_AE的簇5病毒成簇,其中多数序列来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为100％.结论 本文获得了一株CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的独特型重组病毒,其亲本病毒与我国北方男男同性恋人群流行的毒株同源,有可能来源于深圳本地性传播人群中流行的病毒.