全基因组预测枯草芽孢杆菌 XF-1的分泌蛋白

• 作者: 韩长志
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 枯草芽孢杆菌 分泌蛋白 信号肽 预测程序
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 植物保护
• 页码范围: 384-388
• 页数: 5页
• 分类号: S436.341
• 字数: 2752字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.04.010

摘要

枯草芽孢杆菌 XF-1对诸多植物病原菌具有抑制作用，是农业生产上重要的生防菌之一。利用 SignalP、ProtComp、TMHMM、Phobius、LipoP、TatP 等预测程序对枯草芽孢杆菌中3853条蛋白质序列进行分泌蛋白的预测研究，并对所获得的分泌蛋白开展氨基酸分布、信号肽长度、切割位点等性质进行分析。结果表明，该菌含有分泌蛋白为104个，其氨基酸长度、信号肽长度与植物病原菌不同；信号肽切割位点属于 A-X-A 类型，与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过上述生物信息学分析方法有效地实现了枯草芽孢杆菌分泌蛋白的预测，分泌蛋白的信号肽切割位点具有物种保守型特点。