基于高通量测序分析盐角草根部内生细菌多样性及动态规律

• 作者: 周娜 张科 田长彦 赵帅 赵振勇
• 来源期刊: 微生物学报
• 关键词: 盐生植物 内生细菌 多样性 焦磷酸测序
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1000-1008
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20150422

摘要

[目的]探讨盐角草根部内生细菌群落多样性特征,揭示内生细菌群落结构在宿主关键发育期动态变化规律.[方法]通过罗氏454高通量测序获得内生细菌16S rRNA片段,然后进行生物信息分析.[结果]共获得20363条16S rRNA基因序列.各样品中可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)在552-941之间.根部内生细菌群落主要包括4个门,其中Proteobacteri门占主导地位,其余依次是Firmicutes,Actinobacteria,Bacteroidetes.在Proteobacteria门中,Gammaproteobacteria是第一大纲,其后是Betaproteobacteria纲.宿主5个发育时期共同拥有7个细菌属,包括Azomonas,Serratia,Pantoea,Serpens,Pseudomonas,Halomonas,Kushneria.整体上看,Gammaproteobacteria纲在宿主5个发育时期呈现增长趋势.优势菌属在5个发育期存在差异,分别为Delftia,Kushneria,Serratia,Pantoea,Erwinia.所有文库总共含2108个特异OTUs,共同拥有5个相同OTUs.花期OTUs数量最多,结种期内生细菌多样性降低.在宿主的5个发育时期中,土壤pH、月均温和土壤盐含量这3个环境因子组成的集合对其内生细菌群落变化具有显著影响.[结论]盐角草内生细菌群落多样性丰富,宿主发育期决定了内生细菌群落结构.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	田长彦	中国科学院新疆生态与地理研究所荒漠与绿洲生态国家重点实验室	204	4584	38.0	56.0
2	赵振勇	中国科学院新疆生态与地理研究所荒漠与绿洲生态国家重点实验室	44	584	16.0	23.0
3	张科	中国科学院新疆生态与地理研究所荒漠与绿洲生态国家重点实验室	46	329	11.0	17.0
4	赵帅	中国科学院新疆生态与地理研究所荒漠与绿洲生态国家重点实验室	23	130	6.0	11.0
5	周娜	中国科学院新疆生态与地理研究所荒漠与绿洲生态国家重点实验室	8	46	3.0	6.0