假黄单胞菌株J1的筛选及木质纤维素降解基因的生物信息学分析

• 作者: 侯丽媛 梁志清 江经纬 蒋建东 许志辉
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 木质纤维素 假黄单胞菌属 细菌基因组 生物信息学 生物乙醇
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 页码范围: 573-581
• 分类号: Q89|Q539+.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201512026

摘要

[目的]本研究旨在发掘木质纤维素降解菌种资源,并寻找木质纤维素降解关键酶基因和代谢通路.[方法]以纤维素为唯一碳源,从土壤、腐叶混合物中分离出27株具有纤维素降解能力的细菌.通过测定纤维素酶活力,将降解效果最优菌株进行全基因组测序.通过与同属细菌的全基因组序列的比对构建贝叶斯树.[结果]菌株J1内切纤维素酶、滤纸酶和β-葡萄糖苷酶活力峰值分别为0.39、0.18和0.11 IU·mL-1,并将菌株J1鉴定为假黄单胞菌(Pseudoxanthomonas sp.).Clusters of Orthologous Groups(COG)和Carbohydrate-Active Enzyme Database(CAZy)等基因数据库注释结果表明:菌株J1具有木质纤维素降解酶基因.代谢通路预测表明:该菌株具有利用纤维素生成乙醇的代谢通路.[结论]本研究分离筛选到的假黄单胞菌株J1可以作为生物乙醇发酵的候选菌株,同时测序获得的全基因组数据将为假黄单胞菌属降解木质纤维素的途径提供依据.