牦牛轮状病毒VP6基因序列分析及RT-PCR检测方法的建立与应用

• 作者: 周芳 岳华 张斌 李凡 汤承 陈曦
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牦牛 轮状病毒 VP6基因 点突变 RT-PCR
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 预防兽医
• 页码范围: 1465-1473
• 页数: 9页
• 分类号: S852.653|S852.659.3
• 字数: 6185字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2016.07.021

摘要

轮状病毒(rotavirus,RV)VP6基因是RV的主要分子检测靶点,但该基因的点突变会影响RV的分子检测.本试验的目的是在研究牦牛RV VP6基因遗传变异的基础上,建立检测牦牛RV的RT-PCR方法并应用于临床样本检测.采用Prime 5.0设计引物,从30个牦牛腹泻样本中扩增得到14个位于931-1 338 bp牦牛RV VP6基因片段.序列分析结果发现,与牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV)相比,牦牛RV VP6基因在931-1 110 bp间出现多处点突变,而在1 100-1 338 bp之间序列高度保守.据此设计检测引物,成功建立了检测牦牛RV的RT-PCR方法,具有良好的特异性和稳定性,只扩增出牦牛RV及BRV的特异片段,对其他无关病原无扩增;检测下限为0.45 pg·μL-1,灵敏性较好.所建立方法对牦牛RV的检出率明显优于现有检测BRV的RT-PCR方法,为牦牛RV病的诊断和流行病学调查提供了可靠的方法;对BRV的检出也与其他方法具有很好的符合率,也可以用于BRV的检测.对234份犊牦牛腹泻粪便样本的RV检出率:西藏为60.00％(36/60)、青海为95.00％(57/60);四川为85.19％(46/54);云南为90.00％(54/60),证明牦牛RV感染是当前导致犊牦牛腹泻的重要原因.