Actinonin与肽脱甲酰基酶作用模式的分子动力学模拟研究

• 作者: 孙杰 牟杰 王涛 高剑
• 来源期刊: 中国医药导报
• 学科: 医学
• 关键词: 分子动力学模拟 肽脱甲酰基酶 Actinonin 抗肿瘤 抗菌
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 21-26
• 页数: 6页
• 分类号: R75
• 字数: 2888字
• 语种: 中文

摘要

目的：研究actinonin与脱甲酰基酶的相互作用模式,阐述基于actinonin进行特异性人肽脱甲酰基酶(HsPDF)抑制剂设计思路。方法使用分子动力学模拟和MM/GBSA自由能计算等方法来研究各种肽脱甲酰基酶(PDF)与actinonin的相互作用模式,定量描述PDF关键残基与actinonin的结合自由能。结果在与actinonin结合方面,HsPDF作为PDF1A的代表,与PDF1B和PDF2比较,存在3个明显差异：与HsPDF的motif 1相互作用较强,与motif 2较弱,而与PDF1B和PDF2的motif 1相互作用较弱,而与motif 2相互作用较强；与HsPDF的Leu131和Met145相互作用较强,而这些相互作用在 PDF1B和PDF2是不存在的；与HsPDF的Trp207存在很强的结合自由能,而与PDF1B和PDF2在相同位置的残基相互作用较弱。结论利用分子动力学模拟的方法,研究actinonin与PDF的相互作用模式,阐述HsPDF与其他类型PDF在活性位点的差异,为基于actinonin的特异性HsPDF抑制剂的设计提出了思路。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王涛	徐州医学院江苏省新药研究与临床药学重点实验室	23	72	5.0	7.0
2	牟杰	徐州医学院江苏省新药研究与临床药学重点实验室	26	67	5.0	7.0
3	孙杰	徐州医学院江苏省新药研究与临床药学重点实验室	3	4	1.0	2.0
4	高剑	徐州医学院江苏省新药研究与临床药学重点实验室	2	1	1.0	1.0